Wieści o Leśniańskiej Madonnie w polnym kamieniu wykutej, o cudach i łaskach doznanych za jej przyczyną, rozprzestrzeniały się coraz bardziej. Ściągały nie tylko pielgrzymów, ale i rabusiów patrzących łakomie na wota. A czasy były niespokojne. Na początku XVIII w. rozpoczęła się tzw. wielka wojna północna. Rzeczpospolita stawała się karczmą zajezdną.
W kraju grasowały wojska saskie, szwedzkie i rosyjskie. W/g przekazów historycznych w roku 1706 oddział Szwedów splądrował i ograbił kościół ze zgromadzonych darów i ofiar. Wałęsające się wojska wlokły ze sobą epidemie, choroby i zarazy. Z tego czasu zachowała się jako wotum srebrna i pozłacana puszka do przechowywania Komunii Św. z napisem „Krzysztof Kisz Grek, Elżbieta Kiszowa małżonkowie ofiarowują Najświętszej Pannie na dziękczynienie za uwolnienie od morowego powietrza roku 1709”. Wotów przybywało.
Karol Stanisław Radziwiłł kanclerz Wielkiego Księstwa Litewskiego przeżywający trudne chwile w czasie wojny i konfederacji tarnogrodzkiej ofiarował w roku 1716 Matce Bożej i Dzieciątku Jezus złote korony wysadzane diamentami.
Proboszcz Paweł Janicki obawiając się zaprószenia ognia przez przechodzące wojska, mimo skromnych środków, postanowił wybudować murowaną świątynię. W trakcie jej realizacji dosięgła go jednak śmierć. W/g tradycji rozpoczął budowę na miejscu, gdzie rosła grusza objawienia. Przy wykopywaniu pnia gruszy ukazało się źródełko, które później ujęto w studzienkę (czynna do dzisiaj). Jego dzieło dokończył ks. Andrzej Fabiański i w 1718 r. przeniesiono tu Cudowny Obraz. Budowlę nazwano Kaplicą Zjawienia. Miała ona wymiary 9 x 7 m i rychło okazała się za mała dla licznej rzeszy pielgrzymów. Proboszcz Fabiański przystąpił do budowy większej świątyni w roku 1722. Przedsięwzięcie okazało się zbyt wielkie. Wkrótce zabrakło funduszy i zmarł inicjator. Stało się jasne, że skromna parafia nie poradzi sobie z taką inwestycją, a może tego dokonać tylko prężny zakon, mający wsparcie możnych protektorów. Nadzieje otrzymania pieczy nad sanktuarium miały różne zakony – paulini, pijarzy, reformaci. Zwycięzcami okazali się paulini, na rzecz których dotychczasowy kolator Władysław Michałowski zrzekł się swego prawa. Po wielu zabiegach zgodę wyraził ówczesny biskup łucki i kapituła.
W roku 1727 paulini objęli w swe posiadanie świątynię leśniańską. Wprowadził ich z wielką pompą z Włodawy hetman Wielki Litewski Ludwik Konstanty Pociej.
Pierwszym przeorem leśniańskiego klasztoru został o. Konstanty Moszyński, późniejszy biskup inflancki. Już w roku 1731 rozpoczął on budowę nowego wielkiego kościoła. Budowa trwała kilkanaście lat i kontynuowali ją jego następcy. Na leśnym pustkowiu, z dala od ważnych szlaków komunikacyjnych i gospodarczych powstała wspaniała barokowa świątynia. Znamienite rody przyczyniały się do jej upiększenia. Michał Kazimierz Radziwiłł „Rybeńko” sprawił potężne organy, a Karol Odrowąż Sedlnitzki główny ołtarz. W roku I rozbioru Polski Jan Bogusław Plersch maluje zasuwę cudownego obrazu – Nawiedzenie NMP, rokokowe malowidło z wyraźną alegorią. Ciemne niespokojne tło obrazu symbolizuje groźną ówczesną sytuację Rzeczypospolitej – domu Polaków.
Rok 1791, uchwalenia Konstytucji 3 Maja, był ostatnim rokiem świetności klasztoru, w którym przebywało wtedy 9 zakonników. Następne rządy targowiczan i powstanie kościuszkowskie spowodowały ograniczenie pielgrzymek.
W roku 1796 Leśna znalazła się pod zaborem austriackim, w zupełnie innych warunkach. Przerwana została łączność z Rzymem i Częstochową. Zakazano organizowania kwest wśród parafian. Bez zgody władz rządowych nie można było niczego kościołowi ufundować, czy ofiarować. Zmniejszyła się liczba zakonników.
W 1809 r. na krótko włączono Leśną do Księstwa Warszawskiego.
W 1813 r. wojska rosyjskie, które zajęły Księstwo, dokonały rabunku w świątyni leśniańskiej. Utworzenie Królestwa Polskiego na pewien czas poprawiło ciężką sytuację paulinów leśniańskich. Zamiast zespołu muzycznego, który przedtem przestał istnieć, występowali odtąd trębacze. W 1831 r. zakonnicy ofiarowali na potrzeby rządu powstańczego 1 dzwon, bez którego służba Boża mogła się obyć.
W 1834 r. ojcowie rozpoczęli budowę murowanego budynku klasztornego, który ukończono w roku 1843.
Nadchodziły jednak tragiczne czasy. Po powstaniu styczniowym rząd rosyjski wypędził paulinów z Leśnej i skasował diecezję podlaską. Usunięty z urzędu do Łomży bp podlaski Beniamin Szymański, przewidując prześladowanie kościoła, potajemnie zabrał ze sobą Cudowny Obraz, pozostawiając w głównym ołtarzu jego kopię. Było to zgodne z uchwałami soboru trydenckiego.
Piotr Paweł Beniamin Szymański OFMCap (ur. 18 czerwca 1793, zm. 15 stycznia 1868 w Łomży) – duchowny katolicki,kapucyn, prowincjał i komisarz generalny polskiej prowincji kapucynów, 18 września 1856 mianowany biskupem podlaskim(po siedemnastoletnim wakacie w diecezji), konsekrowany 1 lutego 1857. Sprzeciwiał się terrorowi carskiemu, otaczał opiekągrekokatolików, nie zdołał zapobiec kasacie kilkunastu klasztorów w diecezji oraz konfiskacie majątków diecezjalnych. W maju 1867 diecezja podlaska została skasowana ukazem carskim, a biskup wywieziony do klasztoru kapucynów w Łomży, gdzie zmarł i został pochowany.
W 1875 r. świątynia leśniańska przeszła we władanie prawosławia, a w 1881 r. przebudowano ją na cerkiew. Na 7 kopułach lśniły teraz złote monogramy cara Aleksandra II. Z okolicy ustały katolickie pielgrzymki, a opornych unitów prześladowano lub wywożono na Sybir.
W 1884 r. zwiedza Leśną gen. gub. warszawski Osip Hurko wraz z kuratorem okręgu szkolnego Apuchtinem. Obaj boleją nad pustką tego miejsca i postanawiają go ożywić. Dlatego w roku następnym otwarto tu zgromadzenie rosyjskich kobiet, klasztor prawosławny. Przełożoną została Eugenia Jefimowska, która cieszyła się dużym poparciem rodziny carskiej (obecnie kościół prawosławny uznał ją za świętą). W 1889 r. podniesiono rangę klasztoru przyznając mu tytuł I klasy. Mniszki założyły bezpłatne szkoły, prowadziły sierociniec, ale z wyraźnym celem przeobrażenia Leśnej w ośrodek prawosławia i rusyfikacji. W 1894 r. sprowadzono tu relikwie mnicha, któremu kiedyś rząd polski wymierzył karę jako buntownikowi i zdrajcy. W roku 1900 i 1905 Leśną odwiedził car Mikołaj II. Po jego wizycie otwarto tu rosyjską żeńską szkołę rolniczą.
Gdy w 1915 r. działania wojenne zbliżyły się do Leśnej, mniszki prawosławne ewakuowały się do Rosji zabierając ze sobą kopię obrazu, który pozostawił bp Szymański. 16 sierpnia tego roku do osady wkroczyły oddziały I brygady Legionów Polskich. Kapelan ks. Henryk Ciepichałł naprędce restytuował kościół, ale legioniści poszli dalej walczyć na Wołyń, a Leśna została włączona pod zarząd niemieckiej komendy etapowej Oberkommando Ost. Wprowadziła one surowe rządy eksploatując posiadłości klasztorne. Opuszczony i zdewastowany kościół pozostawał nieczynny. Dopiero w listopadzie 1918 r. placówka POW z Kornicy rozbroiła okupantów w leśniańskim klasztorze przynosząc świt wolności.